普通の高校生ケータのクラスへやってきた転校生は、幼なじみのヒノキだった。だが、その再会はケータを非日常的な世界へと引きずり込む扉であった。普通の人々が知らないうちに、世界はアルジャーノンという謎の大量突然死現象に脅かされている。ヒノキはこの現象を調査する、モーディワープという組織で働いていたのだ。調査メカである覚醒人１号に乗り込むために必要な資質、デュアルカインドであることが確認され、ヒノキとともにヘッドダイバーになるケータ。アルジャーノンの調査は、ケータの想像をはるかに超える危険をともなうものであった。だが、ケータやヒノキを脅かす危機と、戦う存在があった。人を超えたヒト、状況や環境に応じて自らを変身させる超種族、ベターマンである。
果たして、ベターマンの目的は!?　そして、アルジャーノンの真相とは!?